Новый метод CRISPR-скрининга использует окрашенные ядра для выявления ключевых генов

Исследователи из Боннского университета и Университетской клиники Бонна (UKB) разработали метод, который значительно упрощает и ускоряет идентификацию генов, вовлеченных в заболевания. Метод подсвечивает геномные последовательности в клеточном ядре.

В отличие от сложных скринингов с использованием установленных методов, метод NIS-Seq позволяет исследовать генетические детерминанты практически любого биологического процесса в человеческих клетках. Исследование опубликовано в Nature Biotechnology.

Проблема традиционных методов: Высокие затраты и ограниченный спектр

CRISPR-скрининги позволяют систематически исследовать функцию генов в клетках. Однако этот процесс довольно сложен: для каждого изучаемого процесса необходимо разработать метод обогащения релевантных клеток, например, с использованием сортеров. Кроме того, CRISPR-скрининг плохо работает в некоторых типах клеток, особенно в человеческих иммунных клетках, которые часто не выживают в многоэтапном процессе.

Новый метод: Простое обнаружение окрашенных ядер под микроскопом

Исследователи разработали оптический метод CRISPR-скрининга — Nuclear In-Situ Sequencing (NIS-Seq). Помимо CRISPR-последовательности, в клеточный геном вводится фаговый промотор, который амплифицирует CRISPR-последовательности и делает их видимыми с помощью разных цветов. Разноцветные сигналы в каждом ядре можно обнаружить с помощью обычных флуоресцентных микроскопов, чтобы определить, какой ген был выключен.

Преимущества метода NIS-Seq

• Скорость: Для идентификации релевантного гена с помощью NIS-Seq требуется около недели, в то время как для обычного CRISPR-скрининга часто уходят месяцы.
• Чувствительность: Менее 100 клеток достаточно для выявления релевантного гена.
• Универсальность: Метод работает практически во всех клетках, имеющих ядро, включая маленькие или неактивные клетки. В исследовании успешно проанализированы восемь типов клеток двух видов.

Исследователи убеждены, что NIS-Seq станет стандартным инструментом для идентификации генетических ключевых игроков в клеточных процессах.