NIST патентует первый ДНК-метод для аутентификации мышиных клеточных линий
Проблема ошибочной идентификации мышиных клеточных линий — одной из самых распространённых лабораторных модельных систем для генетических исследований — ведёт к неточным научным работам, отозванным публикациям и потраченным впустую ресурсам. Такие организации, как Национальные институты здравоохранения (NIH), теперь требуют от учёных проверять идентичность и качество клеточных линий перед выделением грантов.
Чтобы решить эту проблему, Национальный институт стандартов и технологий (NIST) разработал метод аутентификации с использованием коротких тандемных повторов (STR) — небольших повторяющихся сегментов ДНК, находящихся между генами. Метод позволяет подтвердить, что клеточная линия происходит от конкретной мыши, аналогично тому, как судебные эксперты устанавливают личность человека по ДНК. Недавно NIST получил патент США (№ 9,556,482) на этот метод.
Как работает метод
- Используются некодирующие STR-маркеры (не содержат инструкций для производства белков).
- Каждый маркер — это уникальная последовательность нуклеотидных оснований (аденин, цитозин, гуанин, тимин), которая повторяется определённое количество раз, уникальное для особи внутри вида.
- Если две клеточные линии имеют высокий процент одинаковых STR-последовательностей с одинаковым числом повторов, считается, что они имеют общее происхождение.
Контекст проблемы
- Для человеческих клеточных линий проблема документируется десятилетиями. Например, два загрязнённых клеточных штамма привели к аннулированию исследований на ~700 млн долларов и около 7000 публикаций в период с конца 1950-х до середины 1960-х годов.
- Для мышиных линий масштаб ошибочной идентификации неизвестен, и в настоящее время не существует руководств по их аутентификации.
Дальнейшие шаги
NIST сотрудничает с организацией ATCC и создал Консорциум по аутентификации мышиных клеточных линий. Консорциум будет:
- Проводить межлабораторные испытания и валидацию запатентованного метода.
- Создавать консенсусный стандарт для унификации процедуры аутентификации в разных лабораториях.
- Учреждать общедоступную базу данных, которая определит, какой STR-профиль соответствует какой мышиной клеточной линии.
В будущем NIST надеется, что идентифицированные STR-маркеры и метод войдут в состав коммерчески доступного тест-набора. В сочетании со стандартом и базой данных это даст исследователям по всему миру инструменты для гарантии идентичности их мышиных клеточных линий.