Филогенетическое дерево нематод — ключ к идентификации самых многочисленных животных на Земле

Международная группа учёных из Вагенингенского университета (Нидерланды), Голландской службы защиты растений (PD) и Калифорнийского университета в Риверсайде опубликовала крупнейшее на сегодня филогенетическое дерево нематод в журнале Nematology.

Дерево включает более 1200 видов и полностью построено на анализе данных последовательностей ДНК. Учёные отмечают, что на основе этого набора данных относительно просто определить видоспецифичные ДНК-штрихкоды для обнаружения нематод в почве с беспрецедентной точностью.

Нематоды — самая многочисленная группа животных на планете: от 2 до 20 миллионов особей на квадратный метр почвы. Большинство из них безвредны, но есть патогенные виды, вызывающие болезни у людей, животных и растений. Проблема в том, что вредные организмы сильно похожи друг на друга и на полезные виды, что делает традиционную микроскопическую идентификацию крайне трудоёмкой.

Исследователи выбрали для анализа специфический участок ДНК, кодирующий малую субъединицу рибосомальной РНК — ключевой компонент клеточного аппарата синтеза белка. Этот фрагмент длиной 1700 нуклеотидов позволил надёжно различить большинство видов нематод. Разрешающая способность набора данных оказалась намного выше ожиданий.

На основе ДНК-анализа учёные смогли сделать значительный шаг вперёд в реконструкции эволюции этой успешной группы животных, включая виды, наносящие серьёзный ущерб скоту и сельскохозяйственным культурам. Результаты предоставили достаточно информации для чёткого различения ряда фитопаразитических нематод.

Новая технология уже была использована для изучения десятков тысяч образцов почвы. Будучи быстрее и точнее традиционного микроскопического анализа, она сразу доказала свою эффективность.

Источник: Hanny Van Megen et al. (2009). A Phylogenetic Tree of Nematodes based on about 1200 full-length Small Subunit Ribosomal DNA sequences. Nematology Vol. 11(6), 927-950. Предоставлено Вагенингенским университетом.