Исследователи призывают к стандартам в биологической микроскопии

Современные микроскопы позволяют изучать процессы в мельчайших структурах организмов. Однако разнообразие приборов и методов обработки изображений создаёт проблему: эксперименты из разных лабораторий часто невозможно воспроизвести и сложно сравнить.

Инициатива Университета Фрайбурга QUAREP-LiMi (Quality Assessment and Reproducibility for Instruments & Images in Light Microscopy) работает над решением этой задачи. С 2020 года 350 экспертов из 29 стран стремятся стандартизировать и улучшить документирование микроскопической визуализации. Журнал Nature Methods посвятил этой теме выпуск за декабрь 2021 года.

Основной принцип научной практики

Проблемы с воспроизводимостью обычно вызваны недостаточной документацией условий эксперимента и отсутствием контроля качества. «Нам наконец нужно для микроскопии то, что уже стало обычным в других областях науки», — заявляет д-р Роланд Ничке из Центра визуализации жизни (LIC) и кластера передовых исследований CIBSS.

Возможность воспроизвести результаты другими исследователями — базовый принцип научной практики. «Наши микроскопические изображения и выводы, которые мы из них делаем, должны быть воспроизводимы по всему миру», — объясняет Ничке.

В биомедицине и исследованиях сигнальных путей учёные всё чаще используют микроскопию количественно: по яркости флуоресцентных сигналов помеченных молекул рассчитывают их количество. «Это часто включает сравнение изображений или математические расчёты. Однако условия, при которых изображения были получены и проанализированы, недостаточно подробно документируются в публикациях, чтобы их можно было воспроизвести или подтвердить в других лабораториях», — говорит учёный.

Разработка стандартов

Девять статей в Nature Methods (три из которых написаны или соавторствованы Ничке) обобщают проблемы, области действий и необходимые разработки. «Исследователи совместно с заинтересованными сторонами разрабатывают единую терминологию, протоколы качества и руководства по публикации», — подчёркивает он.

Ключевыми партнёрами являются производители микроскопов, финансирующие организации, научные издатели и Международная организация по стандартизации (ISO). Проект продолжает искать новых участников: «Создание, документирование, интерпретация и долгосрочное хранение микроскопических изображений всё ещё содержат слишком много источников ошибок. Мы хотим изменить это как сообщество».