Ученые увидели, как микробы взаимодействуют в пространстве

Исследователи из Морской биологической лаборатории (MBL) разработали новую методику микроскопии, которая позволяет одновременно увидеть пространственное расположение до 28 различных типов микробов в одном поле зрения.

Новая методика: CLASI-FISH

Техника называется CLASI-FISH (combinatorial labeling and spectral imaging fluorescent in situ hybridization). Она быстрее традиционных методов идентификации микробов (лабораторного культивирования или секвенирования ДНК) и, в отличие от них, раскрывает пространственную структуру микробного сообщества.

Применение к зубному налету

Ученые, включая Гэри Бориси (MBL) и Флойда Дьюхерста (Гарвардская школа стоматологической медицины), применили CLASI-FISH для анализа зубного налета — сложной биопленки, содержащей не менее 600 видов микробов. Им удалось визуально различить 15 различных микробных типов и определить, что два типа — Prevotella и Actinomyces — демонстрируют наибольшее количество межвидовых ассоциаций.

«Мы не просто выясняем, кто там есть. Мы выясняем, где они находятся в пространстве», — говорит Гэри Бориси.

Значение и перспективы

Пространственное соседство может указывать на функциональное взаимодействие между микробами. Технология открывает возможности для новой клинической диагностики, позволяя быстро и точно определять множество микробов в образце. Метод также применяется для изучения организации микробных сообществ в кишечнике мышей с определенной популяцией человеческих микробов.