Обнаружено масштабное редактирование РНК в человеческом транскриптоме

В новом исследовании, опубликованном в Nature Biotechnology, учёные из BGI, крупнейшей в мире геномной организации, представили доказательства масштабного редактирования РНК в человеческой клеточной линии на основе анализа данных RNA-seq. Это демонстрирует необходимость создания новых надёжных методов для выявления важных посттранскрипционных событий редактирования.

Редактирование РНК — это нормальный, но ещё не до конца изученный процесс, при котором происходят небольшие нуклеотидные изменения после транскрипции ДНК в РНК. Оно играет важную роль в определении структуры и функции белка.

В прошлом году исследование в Science сообщило о большом количестве различий в последовательностях между мРНК и ДНК в человеческом транскриптоме. Этот результат был оспорен из-за возможных технических ошибок. В новом исследовании BGI разработали более строгий аналитический конвейер для решения этих проблем.

Учёные получили данные полного транскриптома методом RNA-seq из лимфобластоидной клеточной линии мужчины-ханьца (YH), чей геном был ранее секвенирован. RNA-seq — это революционный инструмент в транскриптомике, обладающий высокой пропускной способностью, чувствительностью и воспроизводимостью.

«Мы использовали RNA-seq для идентификации событий посттранскрипционного редактирования и разработали вычислительный конвейер для поиска сайтов редактирования РНК человека», — сказал ведущий автор работы Чжиюй Пэн.

С помощью этого конвейера исследователи идентифицировали 22 688 событий редактирования РНК. Они обнаружили, что большинство событий (~93%) конвертируют аденозин (A) в инозин (I), который считывается как гуанозин (G), что согласуется с известными механизмами на основе аденозиндеаминаз, действующих на РНК (ADAR). Также было найдено 44 события редактирования в микроРНК (miRNA), что указывает на потенциальную связь между редактированием РНК и miRNA-опосредованной регуляцией.

«Эти результаты демонстрируют, что данный многоступенчатый конвейер — отличный подход», — отметил Пэн. — «Мы планируем применить эту методологию к более масштабным исследованиям для комплексного анализа "эдитома"».

«Доказательства масштабного редактирования РНК подчёркивают необходимость эффективного метода для их полного обнаружения, чтобы углубить понимание человеческого развития и патофизиологических состояний», — сказал исполнительный директор BGI Цзюнь Ван.