Редизайн крошечного растения
Небольшое растение с длинным названием (Arabidopsis thaliana) помогает исследователям из более чем 120 стран изучать, как создавать новые сельскохозяйственные культуры для удовлетворения растущих потребностей в продовольствии, биотопливе, промышленных материалах и новых лекарствах. Гены, белки и другие признаки этого быстрорастущего крошечного растения семейства капустных находятся в обширной базе данных под названием Arabidopsis Information Resource (TAIR), которая ежемесячно получает более 1,6 миллиона просмотров страниц. Группа TAIR под руководством доктора Евы Хуалы из Департамента биологии растений Института Карнеги выпустила новую версию геномной последовательности этого модельного растения, которая включает ряд улучшений и новых функций, способных ускорить эти важные исследования.
Новый релиз генома TAIR9 содержит подробную информацию обо всех 33 518 генах, составляющих это крошечное растение (включая 114 вновь обнаруженных генов и 168 новых псевдогенов), о белках, производимых этими генами, а также обширную новую информацию о функции генов, полученную экспериментально и предсказанную вычислительными методами.
Хуала отметила достижения: «Теперь у нас есть система ранжирования, которая даёт меру уверенности в том, что структура конкретного гена верна; мы переработали информацию о псевдогенах — эволюционных остатках, которые начинаются как копии обычных белковых генов и иногда приобретают интересные новые функции; и мы внесли обширные обновления в последовательность генома на основе новых данных о последовательности, представленных в TAIR».
В 2000 году Arabidopsis стал первым растением, геном которого был секвенирован. Отчасти благодаря обширным экспериментальным данным о функции генов, которые TAIR кропотливо извлекла из литературы и связала с генами, а также благодаря обширному набору молекулярных инструментов, разработанных для этого растения, геном Arabidopsis является самым продвинутым растительным геномом в мире, и это самое часто используемое сегодня экспериментальное растение. Его небольшой размер и быстрый рост позволяют быстро и экономично проводить масштабные эксперименты по засухо- и солеустойчивости, устойчивости к болезням растений и другим темам, имеющим прямое влияние на экономические и продовольственные вопросы, а результаты применять к важным сельскохозяйственным культурам.
«TAIR — это важнейший ресурс для наук о растениях, но его влияние выходит далеко за эти рамки», — отметил доктор Вольф Фроммер, директор Департамента биологии растений Института Карнеги. «TAIR9 как «зелёная» референсная база данных имеет решающее значение для понимания функции и инженерии как водорослей, так и сельскохозяйственных растений. Это основа для всего улучшения сельскохозяйственных культур, чтобы справиться с вызовами растущего населения и изменения климата».