Новый метод раскрывает трёхмерную организацию костного мозга

Исследователи из Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL) и Немецкого центра исследования рака (DKFZ) в Гейдельберге разработали методы для изучения трёхмерной организации костного мозга на уровне отдельных клеток. Поскольку костный мозг содержит кроветворные стволовые клетки, ответственные за образование крови в течение всей жизни, эти результаты и новый метод создают основу для изучения рака крови. Результаты опубликованы в Nature Cell Biology.

Метод и фокус исследования

Команда сфокусировалась на костном мозге мышей. Для понимания клеточного состава, пространственной организации и взаимодействий исследователи объединили одноклеточную и пространственную транскриптомику с новыми вычислительными методами.

Ключевые результаты

• Анализ РНК отдельных клеток позволил идентифицировать 32 различных типа клеток, включая редкие и ранее неизвестные.
• Обнаружены новые «нишевые клетки» (niche cells), которые, как полагают учёные, создают уникальные микроокружения, необходимые для функции стволовых клеток и производства новых клеток крови и иммунной системы.
• С помощью вычислительных методов впервые удалось не только определить трёхмерную организацию различных типов клеток в костном мозге, но и предсказать, как клетки взаимодействуют друг с другом.

Значение и доступность

• Полученные данные общедоступны через 3D-атлас в виде удобного веб-приложения.
• Разработанный метод применим для изучения 3D-организации различных тканей и может использоваться для исследования сложной патологии человеческих заболеваний, включая лейкемию.