Создан первый полный клеточный атлас плодовой мушки

Международная исследовательская группа завершила создание атласа каждой клетки взрослой плодовой мушки (Drosophila melanogaster) — одной из важнейших моделей в науке и медицине.

Обширный набор данных, названный Tabula Drosophilae, должен помочь учёным глубже понять, чем клетки отличаются друг от друга, как взаимодействуют с соседями, формируются в эмбриональном развитии и функционируют в различных тканях.

"Наш клеточный атлас мушки станет ценным ресурсом для научного сообщества в качестве эталона для изучения функции генов с разрешением на уровне одной клетки", — сказал соавтор Норберт Перримон из Гарвардской медицинской школы.

Как описано 4 марта в журнале Science, атлас содержит более 580 000 клеток, представляющих более 250 различных типов клеток. Многие типы клеток охарактеризованы впервые.

Преодоление неоднородности данных

Плодовые мушки играют ключевую роль в биологических исследованиях более века. Их полезность возросла с появлением технологии single-cell genomics, позволяющей изучать экспрессию всех генов одновременно в тысячах отдельных клеток.

Проблема предыдущих анализов заключалась в том, что данные генерировались разными лабораториями на разных генетических фонах с разными протоколами и платформами секвенирования, что затрудняло систематическое сравнение.

Fly Cell Atlas решает эту проблему, анализируя всё тело мушки с использованием единых стандартов, инструментов и протоколов. Получившийся каталог интегрирует существующие и новые знания о том, как каждый тип клеток экспрессирует гены в отдельных тканях и в разное время.

Атлас позволит исследователям:

• Систематически сравнивать экспрессию генов в разных тканях мушки.
• Изучать различия в экспрессии генов между самцами и самками.
• Выявлять маркеры, различающие типы клеток во всём организме.

Глобальное сотрудничество

На создание карты у консорциума Fly Cell Atlas Consortium ушло четыре года. В работе приняли участие 158 экспертов из 40 лабораторий по всему миру.

"Особенно вдохновляет то, как сообщество исследователей мушки объединилось, преодолев биологические, технологические и вычислительные границы, чтобы сгенерировать этот огромный набор данных", — отметил соавтор Барт Деланке из EPFL.

Консорциум сделал свои данные свободно доступными онлайн для дальнейшего анализа через несколько порталов.