Новый инструмент для чувствительного анализа гликопротеинов

Гликозилирование — это распространённая посттрансляционная модификация (ПТМ) белков, играющая ключевую роль во многих биологических процессах. Многие биомаркеры заболеваний являются гликопротеинами.

Идентификация интактных гликопептидов с помощью масс-спектрометрии может предоставить информацию о сайте гликозилирования и присоединённом гликане. Однако интерпретация полученных спектров гликопептидов остаётся сложной задачей.

Недавно исследовательская группа под руководством профессора Е Минляна из Даляньского института химической физики (DICP) Китайской академии наук (CAS) разработала новый инструмент для гликопротеомики — программное обеспечение Glyco-Decipher для чувствительной интерпретации масс-спектров N-гликопептидов с высокой достоверностью.

Исследование было опубликовано в журнале Nature Communications 7 апреля.

Ключевые принципы работы Glyco-Decipher

Учёные обнаружили, что паттерн фрагментации пептидного остова гликопептидов не зависит от присоединённых гликанов или состояния заряда прекурсора. Высокое сходство паттернов фрагментации гликопептидов с идентичными пептидными остовами было использовано для интерпретации спектров гликопептидов с плохой фрагментацией пептида.

Кроме того, схема идентификации пептидов в Glyco-Decipher была независима от базы данных гликанов, что позволило обнаруживать неожиданные гликаны, отсутствующие в базах данных. С помощью разработанного метода шагания по моносахаридам Glyco-Decipher смог выявить неожиданные гликаны с модифицирующими группами в сложных системах.

Более того, модуль количественного анализа, встроенный в программный инструмент, извлекает профили элюции гликопептидов, что позволяет проводить анализ обилия и функциональные исследования сайт-специфичных гликанов.

«Glyco-Decipher — в целом очень ценный программный инструмент для гликопротеомики», — прокомментировал один из рецензентов.