GenSeq: Обновлённая номенклатура для генетических последовательностей для решения проблем таксономической идентификации
Представлена улучшенная и расширенная номенклатура для генетических последовательностей, которая соответствует ранжированию надёжности таксономической идентификации исходных образцов. Эта номенклатура является развитием системы наименований "Genetypes", которую некоторые не решались принять из-за использования суффикса "type" в терминологии. Исследование опубликовано в журнале открытого доступа Zookeys.
Использование генетических последовательностей растёт с каждым годом, но, к сожалению, разделение между образцами-вoucher и генетическими последовательностями также увеличивается. Всё чаще связь между генетическими последовательностями, используемыми в анализах, и организмами, из которых они получены, не указывается. Таксономическая идентификация остаётся исключительно ответственностью лица, предоставившего последовательности. Ошибочные идентификации трудно обнаружить, а распространение ошибки при последующем использовании данных последовательности почти невозможно остановить.
В новой номенклатуре генетические последовательности обозначаются как "genseq", за которым следует рейтинг надёжности (например, 1, если последовательность получена от первичного типа), а затем название генов, из которых были получены последовательности (например, genseq-1 16S, COI). Нумерованный суффикс указывает на вероятную надёжность таксономической идентификации voucher. В эту систему ранжирования, в порядке убывания таксономической надёжности, включены:
- последовательности от первичных типов – "genseq-1",
- вторичных типов – "genseq-2",
- коллекционных voucher топотипов – "genseq-3",
- коллекционных voucher не-типов – "genseq-4",
- и не-типов, не имеющих voucher образца, но имеющих фото-voucher – "genseq-5".
Чтобы продемонстрировать использование новой номенклатуры, авторы исследования рассмотрели недавно опубликованные описания новых видов в ихтиологической литературе, которые включают данные ДНК, и применили номенклатуру GenSeq к последовательностям, упомянутым в этих публикациях.
"Использование новой номенклатуры и системы ранжирования улучшит интеграцию молекулярной филогенетики и биологической таксономии и расширит возможности исследователей по оценке надёжности данных последовательностей", — объясняет один из авторов, доктор Прошанта Чакрабарти из Музея естественных наук Университета штата Луизиана. "Мы также призываем авторов обновлять информацию о последовательностях в таких базах данных, как GenBank, всякий раз, когда вносятся номенклатурные изменения".