Обнаружение патогенов в торговле животными с помощью eDNA
Исследователь из Университета штата Вашингтон разработал метод использования экологической ДНК (eDNA) для выявления заболеваний в масштабной международной торговле водными животными. Это особенно актуально в свете нового внимания к зоонозным патогенам после пандемии SARS-CoV-2.
Проблема масштаба
Только в США ежегодно импортируется более 225 миллионов живых животных, большинство из которых предназначены для аквариумной индустрии или торговли домашними питомцами. Мониторинг таких объёмов на предмет инфекций традиционными методами требует огромного количества образцов, что трудоёмко и дорого.
Новый подход
В статье, опубликованной в Scientific Reports 24 июня, доцент-эколог Джесси Бруннер описывает два потенциальных способа тестирования животных в неволе на ДНК патогенов:
Метод eDNA оказался гораздо более эффективным. По словам Бруннера, он позволяет теоретически отобрать пробу от всей популяции сразу, повышая вероятность обнаружения патогена и значительно снижая трудозатраты.
Пример с саламандрами
В качестве примера Бруннер использовал хитридиевый грибок Bsal (Batrachochytrium salamandrivorans), угрожающий популяциям саламандр. Bsal — родственник разрушительного грибка Bd, который привёл к сокращению более 500 видов амфибий по всему миру, включая 90 вероятно вымерших.
Bsal уже попал в дикую природу Европы через импортированных домашних питомцев из Юго-Восточной Азии. Угроза его заноса в Северную Америку, где обитает огромное разнообразие саламандр, заставила Службу охраны рыбных ресурсов и диких животных США ввести в 2016 году запрет на импорт 201 вида саламандр.
Статистическая основа
В статье изложены статистические формулы, необходимые для наблюдения за импортируемыми саламандрами на наличие Bsal с помощью eDNA. Показаны необходимые объёмы проб для получения результата с высокой степенью достоверности. Метод может значительно сократить объём работ по эффективному мониторингу патогена. В настоящее время Бруннер и коллеги тестируют этот метод на реальных образцах.
Широкие перспективы
Бруннер и его коллеги, входящие в Целевую группу по Bsal, ведут диалог с индустрией домашних животных, заинтересованной в создании «чистой торговли». Решение проблемы тестирования патогенов у саламандр имеет более широкое значение.
«Проблема, с которой мы сталкиваемся у амфибий, — это та же проблема, что и у всех видов дикой природы, и у болезней человека, — сказал Бруннер. — Я думаю, если мы сможем решить эту проблему, мы будем в гораздо лучшей форме для решения других».