Новый метод позволяет исследовать структуру длинных некодирующих РНК
Химики из Боннского университета разработали новый метод для изучения структуры и пространственной укладки (фолдинга) длинных некодирующих РНК, состоящих из сотен или тысяч звеньев. Результаты опубликованы в журнале Angewandte Chemie International Edition.
Более 80% рибонуклеиновых кислот (РНК) в клетке не участвуют в производстве белков. Эта «некодирующая» РНК, вероятно, задействована в различных регуляторных процессах, и её функция во многом зависит от трёхмерной структуры.
Суть метода:
- Маркировка: В определённые участки длинной молекулы РНК встраиваются два искусственных нуклеотида, которые служат молекулярными «флажками».
- Измерение: Методом PELDOR (Pulsed Electron-Electron Double Resonance) измеряется расстояние между этими метками, как с помощью «молекулярной линейки».
- Визуализация: Измеряя расстояния между флажками, размещёнными в разных точках РНК, можно восстановить картину её структуры и фолдинга.
Метод был успешно протестирован на более коротких РНК, и его результаты хорошо коррелировали с теоретическими моделями. В перспективе подход позволит получать трёхмерные изображения длинных РНК и, возможно, изучать их структуру непосредственно в живой клетке.
Потенциал применения: Метод может внести важный вклад в понимание клеточных процессов, где некодирующие РНК играют ключевую роль, например, в качестве биомаркеров в диагностике рака.