Учёные представили улучшенную последовательность генома Daphnia pulex
Дафнии (Daphnia pulex), известные как водяные блохи, — это микроскопические ракообразные, которые уже более 150 лет служат важным модельным организмом в экологических исследованиях. Новое исследование, опубликованное в журнале G3, представляет значительно улучшенную и более полную последовательность генома D. pulex.
Значение организма
- D. pulex играет ключевую роль в пресноводных экосистемах как основной потребитель водорослей («коровы озёр») и важное звено в пищевой цепи для рыб.
- Дафнии обладают удивительной способностью быстро адаптироваться к изменениям среды. Например, они могут развивать защитные структуры (шипы, шлемы), улавливая химические сигналы хищников.
Новый геном «Portland Arch»
Улучшенная сборка генома, названная в честь природного заповедника в Индиане, где была собрана особь, стала возможна благодаря использованию современных технологий. Она пришла на смену первой последовательности 2011 года.
Ключевой результат и перспективы
- Учёные идентифицировали 18 440 генов, получив более точный и полный генетический «каталог» организма.
- Эта геномная «инфраструктура» позволит понять, как именно дафнии адаптируются к таким факторам, как:
- Исследователи смогут выяснить, какие гены и пути (pathways) позволяют одним популяциям справляться с быстрыми изменениями, а другим — нет.
Как отметил Майкл Пфрендер из Университета Нотр-Дам, новая последовательность даёт более полную картину и служит инструментом (toolkit) для ответа на эти фундаментальные экологические вопросы.