Новый метод скрининга выявляет прямые взаимодействия биомолекул
Белки — строительные блоки клетки. Они редко работают в одиночку, а взаимодействуют друг с другом, образуя комплексы, или связываются с ДНК и РНК. Эти комплексы — ключевые элементы многих важных процессов в клетке, таких как энергетический метаболизм или регуляция генов. Изменения в этих взаимодействиях могут быть причиной болезни. Поэтому для понимания работы клетки важно знать, как взаимодействуют её строительные блоки.
Сейчас стоит задача понять, как биомолекулы, такие как белки и РНК, объединяются в функциональные комплексы. Мы знаем десятки тысяч частей клетки, но не знаем, как они соединяются.
В статье, опубликованной в Nature Communications, учёные из Центра геномной регуляции (CRG) описывают новый метод "rec-YnH", предназначенный для изучения комплексов, образуемых сотнями белков и РНК одновременно.
Это первая методика, позволяющая детектировать взаимодействия между большим количеством белков и молекул РНК одновременно. Разработчики сделали акцент на создании выполнимого и доступного метода с широкой применимостью.
"Наш метод надёжно измеряет взаимодействия между множеством белков или белков и фрагментов РНК без необходимости в дорогом специализированном оборудовании, — объясняет Себастьян Маурер. — Эту методологию может использовать любая стандартная биомедицинская лаборатория".
Для реализации и валидации метода две лаборатории CRG успешно объединили свой опыт в биоинформатике, биохимии и молекулярной биологии.
"Наше сотрудничество привело к созданию доступного и выполнимого метода, который производит высококачественные карты белок-белковых и белок-РНК взаимодействий", — говорит соавтор работы Джей-Сонг Янг.
"Взаимодействия между белками и РНК ключевы для многих биологических процессов, включая регуляцию генов. Наш метод — первый, который может детектировать взаимодействия между сотнями белков и РНК одновременно. Это чрезвычайно полезный инструмент для ответа на важные вопросы, связанные со многими заболеваниями", — заявляет соавтор исследования Мирея Гаррига.