Размер имеет значение... и структура тоже: Новый инструмент предсказывает взаимодействие белков с длинными некодирующими РНК

Только около 2% человеческого генома кодирует белки. Остальные 98% важны для регуляции и производят молекулы РНК, называемые некодирующими РНК (нкРНК). Они различаются по размеру, структуре и функции. Изучение их взаимодействия с белками — сложная задача, особенно для длинных нкРНК, поскольку ранее не было вычислительных инструментов для работы с очень длинными последовательностями РНК.

В статье, опубликованной в Nature Methods, исследователи из Центра геномной регуляции в Барселоне (Испания) совместно с учёными из EMBL в Монтеротондо (Италия) и Калифорнийского технологического института (США) представили новый вычислительный инструмент для предсказания взаимодействий белков с длинными нкРНК.

Новый инструмент, названный Global Score, позволяет учёным предсказать, где вдоль последовательности нкРНК белок установит физический контакт. Алгоритм интегрирует как глобальную склонность белка связываться с конкретной РНК, так и локальные особенности такого связывания.

"Структура РНК абсолютно важна при предсказании взаимодействий с белками. Нашей главной задачей была возможность работать с последовательностями РНК независимо от их длины, чтобы сохранить полное представление об их структурных свойствах при поиске белков-партнёров", — объясняет Давиде Чирилло, первый автор статьи.

Инструмент не только предсказывает белковых партнёров, но и позволяет расставить приоритеты для экспериментальной проверки. Эта работа подчёркивает ключевую роль биоинформатики и вычислительной биологии в ускорении исследований в науках о жизни.