Системные анализы недооценивали важность транскрипции у животных

Новое исследование, опубликованное в PeerJ Ли и соавт., ставит под сомнение выводы предыдущих работ, которые предполагали, что трансляция и оборот белка играют бóльшую роль в определении уровней экспрессии белков в клетках животных, чем транскрипция. Основным аргументом в пользу таких утверждений была слабая корреляция между системными измерениями обилия белков и мРНК.

Авторы показывают, что данные по обилию белков из ключевой высокоцитируемой статьи в Nature (Schwanhausser et al., 2011) содержат нелинейную ошибку, приводящую к значительному недооценке белков с низкой экспрессией. После перемасштабирования этих данных с использованием информации о белках "домашнего хозяйства" корреляция с уровнями мРНК становится выше.

Кроме того, оценив влияние других источников ошибок на измерения, Ли и соавт. приходят к выводу, что при явном учете ошибок ожидается еще бóльшая корреляция между мРНК и белком. Используя независимый подход с данными рибосомного профилирования, они показывают, что дисперсия измеренных скоростей трансляции значительно ниже, чем выведенная в более ранних работах.

Итоговые оценки вклада разных процессов в уровни белка:

• Уровни мРНК объясняют ~81% дисперсии в уровнях белка.
• Транскрипция — 71%.
• Деградация РНК — 10%.
• Трансляция — 11%.
• Деградация белка — 8%.

Эти результаты радикально отличаются от предыдущих оценок, согласно которым различия в уровнях мРНК объясняли лишь 10–40% различий в уровнях белка. Исследование подчеркивает важность учета ошибок измерений при статистическом анализе больших количественных данных.