База данных по редактированию генома растений от Института Бойса Томпсона

Исследователи из Института Бойса Томпсона (BTI) создали централизованное хранилище — Plant Genome Editing Database (PGED) — для управления данными о мутантах растений, полученных с помощью инструментов редактирования генов, таких как CRISPR/Cas.

Проблема и мотивация

  • Современные методы, в частности CRISPR/Cas, позволяют создавать сотни мутантных линий (только в лаборатории Грега Мартина в BTI создано более 430 линий томата), что порождает проблему систематизации данных.
  • Вторичная цель — совместное использование данных и ресурсов (например, семян) для повышения эффективности исследований, сокращения дублирования работы и стимулирования коллабораций.

Текущее состояние и функционал

  • На данный момент в PGED загружены данные по 432 линиям томата, созданным с помощью CRISPR/Cas.
  • База данных предоставляет информацию об эксперименте по трансформации, сорте растения, ДНК-конструкции и праймерах, фенотипе потомства и доступности семян.
  • Хотя основной фокус — на линиях CRISPR/Cas, PGED также может использоваться для данных, полученных с помощью других инструментов: мегануклеаз, цинковых пальцев (ZFNs) и нуклеаз TALEN.

Реакция сообщества и перспективы

  • Уже семь исследовательских групп запросили семена у лаборатории Мартина, которая поделилась 21 мутантом с пятью лабораториями.
  • Профессор Закари Липпман (Cold Spring Harbor Laboratory) видит в PGED потенциал для предотвращения дублирования работы: «Вы можете просто зайти в базу данных, увидеть, что кто-то уже работает над интересующей вас темой, и попросить у них семена».
  • База данных может способствовать междисциплинарным коллаборациям, как в случае с Мартином и Липпманом, которые изучают одни и те же рецепторные гены в контексте иммунного ответа и развития растений соответственно.
  • Возможная проблема — нежелание некоторых исследователей делиться неопубликованными данными из-за конкуренции. Однако надежда, что по мере роста базы данных это препятствие уменьшится.

Создание PGED и призыв к подаче данных были анонсированы в журнале Molecular Plant. Разработка базы данных частично финансировалась Национальным научным фондом (NSF).

2019-03-04