Учёные создали новый способ представления данных о последовательностях связывания транскрипционных факторов

Разнообразие характеристик клеток человеческого тела отражается в их паттернах экспрессии генов. Регуляция этой экспрессии основана на транскрипционных факторах, которые связываются со специфическими последовательностями в геноме.

Расшифровка уникальных последовательностей связывания для каждого типа клеток имеет ключевое значение для понимания механизмов регуляции генной экспрессии. Однако полное понимание этих последовательностей, включая их общие черты и различия между типами транскрипционных факторов и типами клеток, остаётся недостигнутым.

Используя данные о сайтах связывания множества человеческих транскрипционных факторов, исследователи из Университета Цукубы разработали «MOCCS-профили» — новый способ представления данных о последовательностях связывания. Они проанализировали эти последовательности для различных факторов и типов клеток. Работа опубликована в журнале BMC Genomics.

Результаты показывают:

• Примерно половина исследованных транскрипционных факторов обладает уникальными последовательностями связывания для определённых типов клеток.
• На основе MOCCS-профилей был создан индекс для прогнозирования влияния однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) на связывание ДНК с факторами.
• Продемонстрировано, что влияние SNP, связанных с заболеваниями, на связывание можно корректно оценить с точки зрения конкретных транскрипционных факторов и типов клеток.

MOCCS-профили имеют большой потенциал для различных применений, например:

• Комбинация с эпигеномными данными для расшифровки клеточно-специфических механизмов регуляции экспрессии генов.
• Оценка влияния соматических мутаций в раковых клетках на связывание транскрипционных факторов.