Новый лазерный метод для изучения взаимодействий белок-ДНК

Исследователи в рамках проекта ATLAS разработали сверхбыстрый метод изучения того, как регуляторные белки связываются с ДНК для контроля активности генов — процесса, лежащего в основе эпигенетики.

Проблема традиционных методов

Обычные методы используют медленные химические процессы (от минут до часов) для сшивания белков с ДНК с целью определения сайтов связывания. Это не позволяет изучать быстрые и транзиторные взаимодействия, длящиеся секунды.

Лазерное решение

Вместо химии новый метод использует фемтосекундные лазерные импульсы (одна миллионная от одной миллиардной секунды). Направляя эти импульсы на живые клетки, можно сшивать белки с ДНК за доли секунды, не убивая клетки.

Ключевое преимущество: «Мы можем изучать связывание ДНК с белками в динамике, в частности, прямое и непрямое связывание», — поясняет координатор проекта Лючия Альтуччи из Второго университета Неаполя.

Значение для эпигенетики

Метод позволит:

• Изучать транзиторные связывания белков, длящиеся менее минуты.
• Пересмотреть роль некоторых транскрипционных факторов и энхансеров.
• Лучше понять фундаментальные процессы, такие как дифференцировка клеток, где специфичные взаимодействия белок-ДНК по-разному контролируют экспрессию генов.

Мнение экспертов

• Адель Мюррелл (Университет Бата): Метод выглядит многообещающим, позволяет использовать меньше образца и, возможно, изучить динамику силы взаимодействия.
• Оливье Рор (Университет Страсбурга): Подход интересен возможностью автоматизации и улучшения результатов, но может быть дорогостоящим.