Исследование выявило значительные различия между линиями человеческих клеток, используемых в науке

Более 70% исследователей не смогли воспроизвести эксперимент другого учёного, согласно опросу журнала Nature за 2016 год. Одной из причин этого «кризиса воспроизводимости» могут быть значительные различия в клеточных линиях, используемых разными лабораториями.

Чтобы изучить проблему, группа международных учёных собрала образцы линии человеческих раковых клеток HeLa из более чем дюжины лабораторий шести стран. Клетки HeLa культивировали в единых условиях и анализировали экспрессию генов, скорость роста, функцию белков и другие факторы с помощью современных протеомных методов. Также изучался ответ клеточных линий на инфекцию Salmonella.

Исследователи обнаружили значительные вариации как между разными линиями HeLa, так и внутри них, особенно между линиями HeLa CCL2 и HeLa Kyoto. Различия были видны в экспрессии генов и белков, а также в клеточном ответе на инфекцию. В одной линии наблюдалась разница в экспрессии генов до 7% между ранним поколением клеток и клетками, выращенными в течение трёх месяцев.

Эти результаты подчёркивают необходимость минимизировать влияние такой вариабельности на результаты исследований. Учёные рекомендуют:

• Указывать конкретные типы линий HeLa в исследованиях.
• Использовать ранние клеточные линии.
• Документировать базовую экспрессию генома клеток.
• Проводить повторное тестирование клеток на разных образцах или в разных лабораториях для обеспечения воспроизводимости.

Полная статья опубликована в Nature Biotechnology.