Новый инструмент упрощает анализ данных масс-цитометрии для выявления субпопуляций клеток

Новый программный пакет cytofkit облегчает анализ и интерпретацию экспериментов с использованием масс-цитометрии — сложного метода определения свойств клеток. Инструмент позволяет учёным идентифицировать различные субпопуляции клеток в образце иммунных клеток, раковых клеток или других типов тканей.

Масс-цитометрия решает проблему ограниченного количества маркеров в классической проточной цитометрии за счёт использования металлических меток, что позволяет измерять гораздо больше характеристик одновременно в отдельных клетках. Однако анализ получаемых больших наборов данных остаётся сложной задачей.

Исследователи из A*STAR Singapore Immunology Network под руководством Дзиньмяо Чен создали cytofkit в ответ на эту потребность. Пакет сочетает современные биоинформатические методы и оригинальные алгоритмы.

"Он предоставляет очень удобный графический интерфейс и интерактивную визуализацию результатов анализа, — говорит Чен. — Любой, включая лабораторных учёных и неспециалистов в биоинформатике, может использовать его без какого-либо обучения."

Основные этапы работы программного обеспечения:

1. Предварительная обработка данных согласно заданным параметрам.
2. Автоматическое выявление различных соответствующих субпопуляций клеток.
3. Визуализация данных с цветовой маркировкой типов клеток.
4. Определение степени родства между группами клеток.

Команда протестировала инструмент на данных масс-цитометрии образца белых кровяных клеток. Как сообщалось в PLOS Computational Biology, программное обеспечение правильно идентифицировало известные субпопуляции клеток и далее разделило эти подмножества, выявив дополнительные типы клеток. В сотрудничестве с иммунологом A*STAR Эваном Ньюэллом исследователи также показали, что cytofkit выявил множество типов T-фолликулярных хелперных клеток из крови и миндалин.

"Мы протестировали полезность cytofkit на большом количестве других наборов данных, не упомянутых в статье", — добавляет Чен.

Инструмент набирает популярность: по словам Чен, у него уже более 4000 пользователей по всему миру. Её лаборатория продолжает улучшать и обновлять пакет, учитывая отзывы пользователей.

Программное обеспечение, которое работает как с данными проточной, так и масс-цитометрии, свободно доступно через Bioconductor — платформу с открытым исходным кодом для биологов.